直立菌丝又叫气生菌丝，直立于营养基质之外，顶端可产生孢子，作用是用来繁殖。菌类的菌丝体多是匍匐在基质上，或是贯通基质而伸长的，为了孢子的形成而生长气生菌丝，在一定条件下，水生菌类也可以生长气生菌丝。
在固体培养基上霉菌的菌丝分化为营养菌丝和气生菌丝，营养菌丝深入到培养基内吸收养料；气生菌丝向空中生长，有些气生菌丝发育到一定阶段分化成繁殖菌丝，会产生孢子。气生菌丝叠生于营养菌丝上，以致可以覆盖整个菌落表面，在光学显微镜下，颜色较深，直径比营养菌丝粗，直形或弯曲，有的产生色素。
营养菌丝又称基质菌丝，着生在营养基质内，主要功能是吸收营养物质，有的可产生不同的色素，是菌种鉴定的重要依据。
气生菌丝和营养菌丝的区别主要是以下几点：
产生方式不同；气生菌丝是由基内营养菌丝长出培养基外伸向空间的放线菌菌丝；营养菌丝是基内菌丝匍匐生长于营养基质表面或伸向基质内部，它们像植物的根一样。
功能不同；气生菌丝是用来繁殖的孢子丝；营养菌丝的主要功能是吸收营养物质，有的可产生不同的色素，是菌种鉴定的重要依据。
形态不同；气生菌丝直生或分枝丝状，较基内菌丝粗和色深；营养菌丝在显微镜下观察时，一般气生菌丝颜色较深，比基内菌丝粗，而基内菌丝色浅、发亮。
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